医師の確定申告のやり方 e-Tax

バイトをしている医師の多くは、確定申告が必要です。「やり方がわからない」「時間がない」という人のために、このページでは、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」とe-Taxを使った、スマホやパソコンでの確定申告の手順をまとめました。

結論:源泉徴収票をそろえて、作成コーナーに入力するだけ

  1. 常勤先とすべてのバイト先の源泉徴収票をそろえる
  2. 控除の書類(ふるさと納税・医療費・iDeCoなど)をそろえる
  3. 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で入力する
  4. マイナンバーカードを使ってe-Taxで送信する
  5. 追加で納める税金を、期限までに納付する

確定申告の期間

確定申告の期間は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです(土日の関係でずれることがあります)。税金が戻ってくる還付申告は、1月から提出できます。

確定申告が必要かどうかは医師のバイトの確定申告は必要?をどうぞ。

準備するもの

書類 どこでもらう
源泉徴収票(常勤先・バイト先すべて) 各勤務先。年末〜1月ごろに届く。届かないバイト先には依頼する
ふるさと納税の寄附金受領証明書 寄附した自治体、または寄附に使ったサイトの証明書
医療費の明細(医療費控除を受ける場合) 領収書から自分で作成。マイナポータルの医療費通知も使える
iDeCoの掛金の証明書(小規模企業共済等掛金払込証明書) 国民年金基金連合会から届く(給与天引きなら源泉徴収票に反映済み)
生命保険料・地震保険料の控除証明書 保険会社から届く
マイナンバーカード e-Taxでの送信に使う

バイト先が多い医師は、源泉徴収票の集め忘れが起こりやすいので、1月のうちに全部そろっているか確認しましょう。

作成コーナーでの入力の流れ

  1. 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を開き、「作成開始」を選ぶ
  2. 提出方法でe-Tax(マイナンバーカード方式)を選ぶ
  3. 所得税の申告書を選び、給与所得の欄に源泉徴収票の内容を1枚ずつ入力する(マイナポータル連携で自動入力できる場合もある)
  4. ふるさと納税・医療費・保険料などの控除を入力する
  5. 計算結果(納める税金、または戻ってくる税金)を確認する
  6. 住民税の納め方などを選び、マイナンバーカードを読み取って送信する

スマホでも、マイナンバーカードを読み取って申告できます。

税金の納め方

バイトをしている医師は、確定申告で追加の税金を納めることが多くなります。納付期限は原則3月15日です。

  • 振替納税:事前に届け出た口座から、4月ごろに自動で引き落とされる
  • ダイレクト納付:e-Taxから、登録した口座で即時または指定日に納付
  • クレジットカード納付:手数料がかかる。くわしくは予定納税のクレジットカード払い
  • スマホアプリ納付・コンビニ納付なども選べる

前年の納税額が15万円以上になると、翌年は7月と11月に予定納税も必要になります。

税理士に頼むという選択肢

バイト先が多い、副業の事業所得がある、不動産を持っている、など申告が複雑な場合は、税理士に依頼するのも一つの方法です。忙しい医師は、自分の時間の価値とくらべて考えましょう。

まとめ

医師の確定申告は、源泉徴収票と控除の書類をそろえ、作成コーナーに入力してe-Taxで送信するだけです。1月のうちに書類をそろえておくと、慌てずにすみます。バイトの税金と手取りは医師バイトの源泉徴収と手取りもどうぞ。

参考資料

最終更新:2026年10月